Прием платежей через Интернет традиционно считается одной из ключевых проблем в электронной коммерции.
Причем проблема заключается не столько в технической возможности приема платежей, сколько в уровне доверия покупателей платежному оператору.
Сегодня спектр платежных систем огромен. На рынке присутствуют и старые и новые платежные посредники.
Каждый из них имеет свою клиентскую базу и свой рынок сбыта платежных услуг. Главное в другом, в том, насколько участники электронной коммерции знают платежных посредников, доверяют им и готовы пользоваться их услугами.

Платежи в электронной коммерции эволюционно развивались по следующей схеме:

1. Денежные и банковские переводы.
В сообществах по интересам (коллекционеры, собаководы, сервисы совместных покупок и т.п.), где все пусть заочно, но давно знакомы, изначально никогда не стояла проблема взаимного доверия. Переводы на таких ресурсах делаются на частное лицо. Случаи непорядочного поведения становятся известны всем и нарушитель пулей вылетает из сообщества.  Проблемы  начинаются, если продавец с репутацией в сообществе хочет вывести свой бизнес за его рамки.

2. Электронные деньги. Электронные деньги (WebMoney, Yandex-деньги и ряд др.) были очень популярны лет 10 назад. С тех пор многое изменилось. WebMoney утратил рынок из-за слишком сложной системы идентификации, а Яндекс-деньги были выкуплены Сбербанком и претендуют на роль лидера среди российских платежных систем. Однако бесспорными лидерами на рынке их назвать нельзя.

3. Платежные агрегаторы. Платежные агрегаторы представляют собой платежные сервисы, позволяющие продавцу получать оплату на свой расчетный (или личный) счет из различных платежных систем: от электронных денег и банковских карт, до телефонных операторов и банковских терминалов. Платежные агрегаторы взимают собственную комиссию сверх комиссии платежных систем, либо прячут свою комиссию в их скидку от объема. Например, один из ведущих российских платежных агрегаторов OnPay предоставляет пользователям свои услуги именно на такой основе.

4. Платежные терминалы. Платежные терминалы в чистом виде постепенно уходят в рынка, уступая место оплате банковскими картами, через интернет-банкинг и мобильные приложения. Все это вынуждает их осваивать смежные виды деятельности и снижать цены. Однако издержки на содержание сети платежных терминалов существенно ограничивают возможности для этого. Наиболее успешная в России платежная система QIWI сегодня предлагает свои услуги бесплатно, пряча стоимость в плате за вывод денег (1,6%, минимум 100 р. с каждого платежа, максимальная сумма вывода - 15,000 р.).

5. Платежные провайдеры. Платежные провайдеры (PayPal, Skrill, Payoneer и др.) специализируются на осуществлении международных платежей с использованием банковских карт VISA и MasterCard. Их комиссия составляет около 3% + 0,5US$. Эти системы безусловно доминируют на рынке трансграничных платежей, но их доминирующее положение определяется не столько их преимуществами (которые значительны), сколько привязкой к одной из глобальных электронных торговых площадок. В России действует аналогичный по функционалу сервис Яндекс-денег, завязанный на торговую площадку Яндекс-маркет.

6. Суррогатные платежные системы. К суррогатным платежным системам относится платежная система "Кукуруза" (Евросеть), телефонные сервисы и т.д.

У каждой из этих платежных систем есть свои преимущества и недостатки. В целом условия оказания услуг у них сопоставимые по цене и по уровню сервиса.
Главное условие выбора платежной системы - ее доминирование на том целевом рынке, где планируется осуществление продаж.